Nació en Belmonte – Cuenca, el año de 1527. Desde joven se consagró a la iglesia, y tomó el hábito de San Agustín, habiendo ingresado en el convento de Salamanca, en el cual profesó el 29 de enero de 1544.
En dicha ciudad siguió sus estudios con gran éxito y aplauso, habiendo sido graduado en teología en 1561, para al siguiente año ganar por oposición la cátedra entonces llamada de Durando, y algún tiempo después la de Sagradas Escrituras.
Fue considerado como uno de los más sabios hombres de su tiempo, y no sin razón, pues conocía a fondo las lenguas orientales, y sus estudios abarcaban todo el campo del saber humano de entonces.
Mas este saber estuvo a punto de perderle, pues sus enemigos le acusaron de haber traducido al castellano el Cantar de los Cantares, cuando los cánones de entonces prohibían las traducciones de los libros santos a la lengua vulgar; y fue procesado por la inquisición de Valladolid como sospechoso en materia de fe, encerrado cinco años en la cárcel de la dicha jurisdicción, al cabo de los cuales logró demostrar la falsedad de lo alegado por sus enemigos, y fue puesto en libertad.
Entonces volvió a su cátedra, y el primer día que se sentó en ella, después de los cinco años de prisión, ocurrió una anécdota muy graciosa: tenía el maestro Fray Luis la costumbre de recapitular cada día lo explicado el anterior, e invariablemente comenzaba con la sacramental frase: Decíamos ayer…
Dentro de la orden de los agustinos desempeñó importantes puestos, habiendo llegado a ser nombrado provincial. Mas no desempeñó nunca dicho cargo, pues la muerte le sorprendió en Madrigal, a los sesenta y cuatro años de edad: el 23 de agosto de 1591.
En vida suya gozó de gran popularidad, y hasta inmediatamente después de su muerte se hizo conservar el aula en que explicaba, que se halla hoy exactamente en el mismo estado que entonces.
Cúpole el honor insigne de haber sido encargado de arreglar los escritos de Santa Teresa de Jesús, a quien nunca conoció, para darlos a la estampa después de la muerte de la santa, labor que desempeñó a conciencia, evitando las correcciones profanadoras que los confesores de la santa habían introducido.
Sus poesías fueron poco o nada conocidas mientras vivió, pues la primera edición que de ellas hubo fue la hecha por don Francisco de Quevedo, cuarenta años después de la muerte del maestro, la cual fue dedicada al Conde Duque de Olivares.
La Oda a la vida rústica, es de lo más delicado y fino que se ha hecho en este género, aun sin olvidar a los clásicos latinos, hasta el mismo viejo Horacio.
Fray Luis era un gran conocedor de la teología, especialmente la bíblica, y escribió varios comentarios en latín a diferentes libros de la Biblia. El conocimiento que tenía de las lenguas bíblicas (griego y hebreo) le facilitó el acceso a los textos originales. Junto a otros intelectuales, Fray Luis criticó las traducciones latinas de la Biblia, que respetaban poco los textos de la versión hebrea. Además de estas obras de carácter teológico escritas en latín, Fray Luis de León escribió obras en prosa y verso en castellano.
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